Prototype— Generi, voto e dati del gioco

New York, Penisola di Manhattan (molto dettagliata), giorni nostri. Gli abitanti vengono colpiti da una mutazione che li trasforma in mostri assetati di sangue. Il protagonista del gioco è un giovane apparentemente ordinario di nome Alex Mercer. All'inizio del gioco sappiamo poco di lui, ma è comunque più di quanto lui stesso sappia di sé: Alex non ricorda nulla e non sa nemmeno di avere superpoteri. I poteri gli sono molto utili, perché dovrà fermare l'epidemia e allo stesso tempo nascondersi da esercito, polizia e mercenari. Alex si risveglia nell'obitorio della Gentek, situato nel suo quartier generale a Manhattan. Scopre uno ad uno le sue straordinarie capacità: i proiettili non gli fanno male, può saltare in alto, lanciare oggetti pesanti, correre sulle pareti degli edifici e assorbire le persone, prendendo il loro aspetto e acquisendo le loro conoscenze. Tutto Manhattan è aperto fin dall'inizio del gioco. Il giocatore può seguire la storia o eseguire missioni separate. Grazie ai superpoteri, l'eroe può muoversi sia orizzontalmente che sulle pareti. Alex può trasformare le mani in martelli, lame, fruste o scudi, aumentare la massa muscolare del suo corpo per aumentarne la forza, trasformare la pelle in armatura, vedere nel buio e distinguere i mutanti dalle persone normali. Tutte le abilità possono essere migliorate progredendo nel gioco. Oltre ai superpoteri fisici, il protagonista usa fucili d'assalto, mitragliatrici, lanciagranate, lancia missili e cattura veicoli da combattimento, carri armati ed elicotteri.